Η ιστορία της Αγίας Γαλήνης ξεκινάει από την εποχή της Μινωικής Κρήτης. Κατά την αρχαιότητα, η Αγία Γαλήνη είχε το όνομα Σουλία. Το όνομα Σουλία είναι άμεσα συνδεδεμένο με τον μύθο του Δαίδαλου και του Ίκαρου. Ο Δαίδαλος κατασκεύασε τον Λαβύρινθο στον οποίο ζούσε ο Μινώταυρος, και μέσα στον Λαβύρινθο ο Μίνωας φυλάκισε τον ίδιο τον Δαίδαλο και τον γιο του, Ίκαρο. Ο Δαίδαλος και ο Ίκαρος κατάφεραν να δραπετεύσουν και κρύφτηκαν στην σπηλιά της Αγίας Γαλήνης. Από εκεί, πέταξαν προς την ελευθερία τους φορώντας φτέρα κολλημένα με κερί και πούπουλα, τα οποία κατασκεύασε ο Δαίδαλος. Ο Ίκαρος παράκουσε τη συμβουλή του πατέρα του, να μην πετάξει κοντά στον ήλιο, κι έτσι το κερί έλιωσε, και ο Ίκαρος έπεσε στη θάλασσα βρίσκοντας τραγικό θάνατο. Το μέρος της θάλασσας που έπεσε ο Ίκαρος ονομάστηκε Ικάριο Πέλαγος.

Μέρος της γοητείας της Αγίας Γαλήνης είναι το μυστήριο που συνοδεύει την προέλευση του ονόματός της. Το όνομα Γαλήνη χρησιμοποιείται πολύ σπάνια στην Ελλάδα. Οι επικρατέστερες θεωρίες είναι οι εξής:

Το όνομα Αγία Γαλήνη προέκυψε όταν η Αυτοκράτειρα του Βυζαντίου Ευδοκία καθώς ταξίδευε με το καράβι της προς τους Αγίους Τόπους, έπεσε θύμα μεγάλης τρυκιμίας και θαλασσοταραχής. Τότε η Ευδοκία ζήτησε τη βοήθεια της Παναγίας, υποσχόμενη πως αν σωθεί από τα μανιασμένα κύματα θα χτίσει μια εκκλησία προς τιμήν της. Έτσι χτίστηκε ο ναός της Παναγίας Γαλήνης που σήμερα βρίσκεται στο νεκροταφείο του χωριού.

Η δεύτερη θεωρία θέλει το χωριό να πήρε το όνομα του από τη Μονή του Γαλήνιου Χριστού που χτίστηκε κατα τα χρόνια διάδοσης του Χριστιανισμού. Η μονή λέγεται οτι χτίστηκε πάνω στο ναό της θεάς Άρτεμις, ο οποίος υπήρχε στην Σουλία.

Σύμφωνα με την τρίτη θεωρία, το όνομα της Αγίας Γαλήνης προέκυψε από την αρχαία ελληνική φράση “αεί γαλήνη” που σημαίνει πάντα γαλήνη. Και αυτό γιατί τα νερά στο λιμάνι της Αγίας Γαλήνης είναι πάντα ήρεμα και γαλήνια.